マイナンバーカードの有効期限は、在留カードに記載されている在留期限と同じです。
出入国在留管理庁ウェブサイト：マイナンバーカードを作って、便利に生活しましょう！
そのため、マイナンバーカードの有効期限までに在留期間を更新して新しいカードを受け取った場合、もしくは在留資格の変更申請で在留カードの在留期限が変更になった場合には、市区町村の窓口で「マイナンバーカードの有効期限の延長」の手続きが必要です。
※市区町村によっては、マイナンバーカードの有効期限の「延長」ではなく「更新」や「変更」と表現している場合もあるようです。
入管では、在留期間更新や在留資格変更の申請後（審査中）に在留期限がきた場合、「特例期間」のあいだは自動的に在留資格が有効とされます。
しかしながら、市区町村はマイナンバーカードについて
マイナンバーカードの有効期限までに新しい在留カードを提示して「マイナンバーカードの有効期限の延長」を行うこと
としています。
在留期間更新や在留資格変更の申請中で特例期間に入った場合、残念ながら、市区町村の窓口はあなたが特例期間であることを自動的に把握できません。ですので、特例期間に入る前に市区町村に「在留期間更新中」や「在留資格変更中」であることを知らせてください。そうすることで、市区町村の窓口は「在留資格の特例期間中はマイナンバーカードも有効」とする手続きをします。
マイナンバーカードに関する手続きは各市区町村により異なりますので、詳細はお住まいの市区町村のウェブサイト等でご確認ください。